学科带头人：何舜平 

　　学科组成员：何舜平 研究员；杨连东 副研究员；甘小妮 高级实验师；冯晨光 特别研究助理；方成池 特别研究助理；熊凡 特别研究助理；在读博士生6人；硕士研究生2人。 

　　学科组介绍：本学科组的前身为主要开展淡水鱼类的分类学研究工作“鱼类分类学科组”，先后有伍献文、陈宜瑜、曹文宣研究员入选中国科学院院士。经过几代人的努力，本学科组的研究工作在国内和国际都具有较高的知名度，先后编辑出版了《中国鲤科鱼类志，上、下》、《中国动物志，鱼纲，鲤形目》上中下、《长江鱼类》、《中国淡水鱼类原色图集1、2、3》等重要的鱼类学著作。在长期的野外工作和数据收集基础上建立了鱼类组织库、鱼类标本信息数据库；构建了全长江鱼类及中国水产物种的DNA条形码库, 为eDNA评估和监测鱼类多样性打下了坚实基础。目前主要从事鱼类系统发育和生物地理学、比较基因组学、生物信息学等方面的研究，通过多组学技术结合分子与细胞生物学技术来揭示栖息在不同极端环境中的鱼类适应性进化背后的遗传机制。研究工作运用分子系统学方法发现鲤科鱼类系统发育新格局；运用生物地理学方法研究了鱼类物种分化与青藏高原隆升的关系；在国际上率先对青藏高原这一高原极端环境的鱼类进行转录组和基因组水平研究；首次揭示了7千米以下超深渊狮子鱼适应极端环境的遗传基础；对脊椎动物从水生到陆生转变进行了深入研究。相关成果发表在《Cell》，《Nature》，《Nature Ecology & Evolution》，《Molecular Biology and Evolution》等著名杂志；主导提出“万种鱼基因组计划（Fish 10K）”。学科组先后承担欧盟项目、国家自然科学重点基金、国家863项目、973专题、中科院创新方向性和前沿项目、中科院先导项目、国家基金委重大研究计划、重大项目，累计发表论文282篇，多篇发表于进化生物学等领域权威学术刊物上。 

　　科研条件：本学科组配置了较完备的生理学和分子生物学仪器设备，配有完整独立的斑马鱼养殖设施及显微注射仪，拥有独立的计算与数据存贮等服务器，并依托中科院超算中心武汉分中心，可满足各类计算需求。 

　　近几年发表的论文： 

　　1.    Bi X, Wang K, Yang L, Pan H, Jiang H, Wei Q, et al. Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes. Cell. 2021. 

　　2.    Wang K, Wang J, Zhu C, Yang L, Ren Y, Ruan J, et al. African lungfish genome sheds light on the vertebrate water-to-land transition. Cell. 2021. 

　　3.    Wang K, Shen Y, Yang Y, Gan X, Liu G, Hu K, et al. Morphology and genome of a snailfish from the Mariana Trench provide insights into deep-sea adaptation. Nature ecology & evolution. 2019;3 5:823-33. 

　　4.    Wu B, Feng C, Zhu C, Xu W, Yuan Y, Hu M, et al. The genomes of two billfishes provide insights into the evolution of endothermy in teleosts. Molecular biology and evolution. 2021. 

　　5.    Jian J, Yang L, Gan X, Wu B, Gao L, Zeng H, et al. Whole genome sequencing of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) provide novel insights into their evolution and speciation. Molecular ecology resources. 2020. 

　　6.    Fan G, Song Y, Yang L, Huang X, Zhang S, Zhang M, et al. Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K). GigaScience. 2020;9 8 

　　7.    Yang L, Xu Z, Zeng H, Sun N, Wu B, Wang C, et al. FishDB: an integrated functional genomics database for fishes. Bmc Genomics. 2020;21 1:801. 

　　8.    Fang C, Gan X, Zhang C and He S. The new chimeric chiron genes evolved essential roles in zebrafish embryonic development by regulating NAD(+) levels. Sci China Life Sci. 2021. 

　　9.    Shen Y, Hubert N, Huang Y, Wang X, Gan X, Peng Z, et al. DNA barcoding the ichthyofauna of the Yangtze River: Insights from the molecular inventory of a mega-diverse temperate fauna. Molecular ecology resources. 2019;19 5:1278-91. 

　　10.  Yang L, Jiang H, Wang Y, Lei Y, Chen J, Sun N, et al. Expansion of vomeronasal receptor genes (OlfC) in the evolution of fright reaction in Ostariophysan fishes. Communications biology. 2019;2:235. 

　　11.   Shen YJ, Dai W, Gao ZM, Yan GY, Gan XN and He SP. Molecular phylogeny and divergence time estimates using the mitochondrial genome for the hadal snailfish from the Mariana trench. Sci Bull. 2017;62 16:1106-8. 

　　12.  Chen J, Yang L, Zhang R, Uebbing S, Zhang C, Jiang H, et al. Transcriptome-Wide Patterns of the Genetic and Expression Variations in Two Sympatric Schizothoracine Fishes in a Tibetan Plateau Glacier Lake. Genome biology and evolution. 2020;12 1:3725-37. 

　　13.  Yang L, Wang Y, Zhang Z and He S. Comprehensive transcriptome analysis reveals accelerated genic evolution in a Tibet fish, Gymnodiptychus pachycheilus. Genome biology and evolution. 2015;7 1:251-61. 

　　14.  Wang Y, Yang L, Zhou K, Zhang Y, Song Z and He S. Evidence for Adaptation to the Tibetan Plateau Inferred from Tibetan Loach Transcriptomes. Genome biology and evolution. 2015;7 11:2970-82. 

　　15.  Yang L, Zhang Z and He S. Both Male-Biased and Female-Biased Genes Evolve Faster in Fish Genomes. Genome biology and evolution. 2016;8 11:3433-45.