水生所的所徽由抽象的水生动物、水生植物组成的“水生”字样及中国科学院水生生物研究所中、英文名称组成，该徽既是水生所名称的代表，又简单地概括了水生所的研究领域。图案中左侧“SSS”既是汉字“水”的象形写法，也是“水生所”汉语拼音（Shui Sheng Suo）的字首字母，同时又象征着水生所科技工作者所踏遍的江河，最左边的“S”与左下方黑点及圆的边缘一起，组成一“鱼”形，又象水中的低等生物；右侧的植物形象组成“生”字，也代表了水生所在植物学领域的研究工作。“水”和“生”所代表的生物之间相互连接，象征着水生所多学科的综合优势以及各学科之间的有机融合。有水有草，生物多样，也正是水生所广大科技工作者多年奋斗的目标——和谐平衡的水生生态环境。 

  1989年筹备建所60周年庆祝活动之际，曾在所内征得多个所徽设计方案，后由我所职工邬华根同志为主设计此所徽，并于1990年建所60周年庆典时正式启用。