自20世纪30年代以来，尤其是1951年在太湖五里湖建立“太湖淡水生物研究室”后，水生所全面开展淡水生物资源调查研究，摸清了我国淡水生物资源的家底，建立了以淡水鱼类标本为主体，整合了藻类、水生无脊椎动物和水生哺乳类动物共计40万号标本的水生生物博物馆，先后出版了《中国鲤科鱼类志（上、下）》、《中国淡水轮虫志》、《中国鞘藻目专志》、《西藏水生无脊椎动物》、《中国动物志纤毛门寡膜纲缘毛目》等十余部专著，奠定了我国水生生物学研究的基础。2019年，水生所牵头建立了国家水生生物种质资源库，包括斑马鱼、藻类和原生动物、长江鱼类、 特色水生动物和珍稀水生动物等6个种质资源子库，是30个国家级生物种质与实验材料资源库之一和国际上最大的水生生物种质资源库。同年，建立的水生生物数据分析管理平台，用于支撑水生生物资源调查中样品采集、物种鉴定、数据存储、历史数据整理和大尺度数据分析管理等。 

　　在水生生物资源调查基础上，水生所发展和建立了湖泊资源调查理论与技术，1956年出版的《湖泊调查基本知识》，是我国第一本湖泊调查的综合性参考书。六十多年过去了，这些理论和技术仍影响着我国水生态和水环境保护研究。 

　　《中国鲤科鱼类志》 

　　《中国淡水轮虫志》 

　　《中国鞘藻目专志》 

　　《西藏水生无脊椎动物》 

　　《中国动物志纤毛门寡膜纲缘毛目》