中国科学院水生生物研究所是全国较早被批准建立博士后流动站的单位之一。1991年6月，经国家批准，水生生物研究所正式设立生物学博士后科研流动站；2014年9月，获批新设环境科学与工程博士后科研流动站。2023年10月，获批新设水产博士后科研流动站。截止到2023年12月底，累计招收和培养博士后研究人员376人。当前在站博士后112人，其中与企事业单位博士后科研工作站及博士后创新实践基地联合招收博士后32人。 

　　水生生物研究所的博士后培养工作对促进国内外相关学科方向的学术交流和高水平人才的培养起到了非常积极的作用，同时也通过与企业联合招收的方式积极推动了相关行业的产研合作，近年来合作的企事业单位包括：长江水利委员会长江科学院、中国长江三峡集团公司、中国市政工程中南设计研究总院有限公司、江西省生态环境科学研究与规划院、上海勘测设计研究院、广东海大集团有限公司、中交第二航务工程勘察设计院有限公司、中国水产科学研究院黑龙江水产研究所、广东海洋大学深圳研究院、江西省水利科学研究院、西藏自治区农牧科学院、江西金达莱环保股份有限公司、武汉市农业科学技术研究院、江苏省海洋资源开发研究院（连云港）、上海科技馆、鲟龙水产食品科技开发有限公司、深圳大学高新技术等20余家。