中国科学院水生生物研究所杭州西湖生态系统研究站位于浙江省杭州市上城区虎玉路15号。聚焦城市景观湖泊的生态修复与长期观测研究，是针对西湖这类典型城市湖泊开展系统性科研与工程示范的核心平台。

自2008年以来，西湖科研团队针对西湖水体富营养问题和水生态退化技术瓶颈，在“十一五”国家水专项课题《典型南方城市景观湖泊水质改善与水生植被构建技术》（2009ZX07106-2）、“十二五”国家水专项课题《城市景观湖泊水环境改善技术研究与工程示范》（2012ZX0710100705）、国家自然科学基金重点项目《水生植物化感作用抑制有害藻类生长的分子机制研究》（31830013），中国科学院重点部署项目、STS项目等科研课题支持下，发挥团队优势，开展协同攻关，建立西湖研究站，历经“十一五”、“十二五”、“十三五”等多个五年计划，在西湖边安营扎寨，取得了内源污染控制、“香灰土”底质改良、着生藻异常增殖控制、沉水植物逆境恢复和稳态调控等系列技术的突破。在西湖全部6.5 km²水面恢复了沉水植物1.86 km²，形成了“水下森林”独特景观，四季变换，沉水植物群落连续十余年自然更替，增强了水体自净能力和湖泊景观功能，取得了显著的社会、经济和生态环境效益。西湖科研和工程成果受到当地政府、民众、国内外游客及国家水专项办的认可，被评为水专项湖泊类标志性成果，为杭州西湖成功列入《世界文化遗产名录》、第十一次G20峰会和第19届亚运会的水环境保障和水景观美化做出了贡献。